Köszönjük, hogy elküldte érdeklődését! Csapatunk egyik tagja hamarosan felveszi Önnel a kapcsolatot.
Köszönjük, hogy elküldte foglalását! Csapatunk egyik tagja hamarosan felveszi Önnel a kapcsolatot.
Kurzusleírás
I. Bevezetés és előkészületek
1. Áttekintés
- Az R barátságosabbá tétele, R és elérhető GUI-k
- Rstudio
- Kapcsolódó szoftverek és dokumentáció
- R és statisztika
- Az R interaktív használata
- Bevezető foglalkozás
- Segítségkérés függvényekkel és funkciókkal kapcsolatban
- R parancsok, kis- és nagybetűk érzékenysége stb.
- Korábbi parancsok visszahívása és javítása
- Parancsok végrehajtása fájlból vagy kimenet átirányítása fájlba
- Adatmaradás és objektumok eltávolítása
- Jó programozási gyakorlat: Önálló szkriptek, jó olvashatóság, pl. strukturált szkriptek, dokumentáció, markdown
- Csomagok telepítése; CRAN és Bioconductor
2. Adatok beolvasása
- Txt fájlok (read.delim)
- CSV fájlok
3. Egyszerű műveletek; számok és vektorok + tömbök
- Vektorok és értékadás
- Vektoraritmetika
- Szabályos sorozatok generálása
- Logikai vektorok
- Hiányzó értékek
- Karaktervektorok
- Indexvektorok; adathalmazok részhalmazainak kiválasztása és módosítása
- Tömbök
- Tömbindexelés. Tömbök részei
- Indexmátrixok
- Az array() függvény + egyszerű műveletek tömbökön, pl. szorzás, transzponálás
- Egyéb típusú objektumok
4. Listák és adatkeretek
- Listák
- Listák létrehozása és módosítása
- Listák összefűzése
- Adatkeretek
- Adatkeretek létrehozása
- Adatkeretekkel való munka
- Tetszőleges listák csatolása
- A keresési útvonal kezelése
5. Adatmanipuláció
- Megfigyelések és változók kiválasztása, részhalmazok
- Szűrés, csoportosítás
- Átkódolás, transzformációk
- Aggregálás, adathalmazok kombinálása
- Particionált mátrixok létrehozása, cbind() és rbind()
- A konkatenációs függvény, (), tömbökkel
- Karaktermanipuláció, stringr csomag
- Rövid bevezetés a grep és regexpr használatába
6. Továbbiak az adatok beolvasásáról
- XLS, XLSX fájlok
- readr és readxl csomagok
- SPSS, SAS, Stata,… és egyéb formátumú adatok
- Adatok exportálása txt, csv és egyéb formátumokba
6. Csoportosítás, ciklusok és feltételes végrehajtás
- Csoportos kifejezések
- Vezérlési utasítások
- Feltételes végrehajtás: if utasítások
- Ismétlődő végrehajtás: for ciklusok, repeat és while
- Bevezetés az apply, lapply, sapply, tapply használatába
7. Függvények
- Függvények létrehozása
- Opcionális argumentumok és alapértelmezett értékek
- Változó számú argumentumok
- Hatókör és annak következményei
8. Egyszerű grafikák az R-ben
- Grafikon készítése
- Sűrűségi ábrák
- Pontdiagramok
- Oszlopdiagramok
- Vonaldiagramok
- Kördiagramok
- Boxplotok
- Pontdiagramok
- Grafikonok kombinálása
II. Statisztikai elemzés az R-ben
1. Valószínűségi eloszlások
- Az R mint statisztikai táblázatok gyűjteménye
- Adathalmaz eloszlásának vizsgálata
2. Hipotézisvizsgálatok
- Teszt egy populáció átlagáról
- Likelihood Ratio Teszt
- Egy- és kétmintás tesztek
- Khi-négyzet illeszkedésvizsgálat
- Kolmogorov-Smirnov egy mintás statisztika
- Wilcoxon előjeles rangpróba
- Kétmintás próba
- Wilcoxon rangösszeg-próba
- Mann-Whitney-próba
- Kolmogorov-Smirnov-próba
3. Többszörös hipotézisvizsgálat
- I. típusú hiba és FDR
- ROC görbék és AUC
- Többszörös tesztelési eljárások (BH, Bonferroni stb.)
4. Lineáris regressziós modellek
- Általános függvények modellinformációk kinyeréséhez
- Frissített modellek
- Általánosított lineáris modellek
- Családok
- A glm() függvény
- Osztályozás
- Logisztikus regresszió
- Lineáris diszkriminanciaanalízis
- Felügyelet nélküli tanulás
- Főkomponens-analízis
- Csoportosítási módszerek (k-means, hierarchikus csoportosítás, k-medoids)
5. Túlélésanalízis (survival csomag)
- Túlélési objektumok az R-ben
- Kaplan-Meier becslés, log-rank teszt, parametrikus regresszió
- Konfidenciaintervallumok
- Cenzorált (intervallum cenzorált) adatelemzés
- Cox PH modellek, állandó kovariánsok
- Cox PH modellek, időfüggő kovariánsok
- Szimuláció: Modellösszehasonlítás (Regressziós modellek összehasonlítása)
6. Varianciaanalízis
- Egytényezős varianciaanalízis
- Kétirányú varianciaanalízis
- MANOVA
III. Kidolgozott problémák a bioinformatikában
- Rövid bevezetés a limma csomagba
- Mikroarray adatelemzési munkafolyamat
- Adatok letöltése a GEO-ról: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Adatfeldolgozás (QC, normalizálás, differenciális expresszió)
- Vulkán ábra
- Csoportosítási példák + hőtérképek
28 Órák
Vélemények (5)
információs és hasznos volt
Brenton - Lotterywest
Kurzus - Building Web Applications in R with Shiny
Gépi fordítás
Számos példa és gyakorlat a képzés téma területével kapcsolatban.
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
Kurzus - Advanced R Programming
Gépi fordítás
Az első és a második nap nagyon egyszerű volt számomra, és nagyon élveztem ezt az élményt.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Kurzus - R Fundamentals
Gépi fordítás
A tempó pontosan megfelelő volt, és a nyugodt hangulat segítette a jelölteknek, hogy nyugodtan kérdéseket tegyenek fel.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Kurzus - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Gépi fordítás
a témát rendszeresen és jól bemutatták.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
Kurzus - Introduction to R with Time Series Analysis
Gépi fordítás
