Mikrobiális Genomika és Metagenomika Bevezetése Képzés

Bevezetés a mikrobiális genomikába

• Áttekintés a mikrobiális genomikáról és metagenomikáról
• Szekvenálási technológiák és tipikus tanulmánytervek
• Kulcsfájlformátumok és adatszervezés

Minőségellenőrzés és előfeldolgozás

• Olvasati minőségértékelés és vágás
• Házigazda eltávolítása és kontamináció-vizsgálat
• Olvasati normalizálás és továbblépési szempontok

Taxonómiai profilozási módszerek

• Marker alapú profilozás MetaPhlAn-nel
• K-mer és osztályozási módszerek Kraken2 és Bracken használatával
• Profilozási kimenetek összehasonlítása és vizualizálása

Metagenom assembly és binning (áttekintés)

• Assembly stratégiák és SPAdes használata
• Contig binning fogalmai és közönséges eszközök (röviden)
• Assembly minőségének és teljességének értékelése

Genom annotáció és MLST

• Genom annotálása Prokka használatával
• MLST végrehajtása és szekvenciatípusok értelmezése
• Jelentések készítése az eredmények megosztására

SNP hívás és filogenetika

• Mapping alapú SNP hívási munkafolyamatok Snippy használatával
• Filogenetikus fák építése IQ-TREE használatával
• Fák vizualizálása és értelmezése iTOL használatával

Antimikrobiális rezisztencia és funkcionális profilozás

• AMR gen detektálása AMRFinderPlus, CARD, és ResFinder használatával
• Funkcionális profilozás és útvonalösszegzés
• Rezisztencia és funkcionális annotációk jelentése

Ismételhető munkafolyamatok és legjobb gyakorlatok

• Conda, Docker és pipeline sablonok használata ismételhetőségért
• Adatkezelés, metadata szabványok és FAIR elvek
• Analízis skálázása felhő erőforrásokkal és notebookokkal

Esetstudiumok és gyakorlati laborok

• 16S/18S amplicon elemzése nyers olvasatoktól taxonómiai tábláig
• Metagenomikus profilozás és mintaátlagozó elemzés
• Genom assembly, annotáció, SNP filogenia és AMR jelentés

Összegzés és következő lépések