Bevezetés a Mikrobiális Genomikába és Metagenomikába Képzés

Bevezetés a Mikrobiális Genomikába

• A mikrobiális genomika és metagenomika áttekintése
• Szekvenálási technológiák és tipikus tanulmánytervek
• Kulcsfontosságú fájlformátumok és adatszervezés

Minőségellenőrzés és Előfeldolgozás

• Olvasatok minőségének értékelése és vágása
• Gazdaeltávolítás és szennyeződés szűrése
• Olvasatok normalizálása és további megfontolások

Taxonómiai Profilozási Módszerek

• Marker-alapú profilozás MetaPhlAn-nal
• K-mer és osztályozási módszerek Kraken2 és Bracken segítségével
• Profilozási eredmények összehasonlítása és vizualizáció

Metagenóm Összeállítás és Binning (áttekintés)

• Összeállítási stratégiák és SPAdes használata
• Contig binning fogalmak és gyakori eszközök (röviden)
• Összeállítás minőségének és teljességének értékelése

Genom Annotáció és MLST

• Genomok annotálása Prokka-val
• MLST végrehajtása és szekvencia típusok értelmezése
• Eredmények megosztására szolgáló jelentések generálása

SNP Azonosítás és Filogenetika

• Térképezés-alapú SNP azonosítási munkafolyamatok Snippy-vel
• Filogenetikus fák építése IQ-TREE segítségével
• Fák vizualizációja és értelmezése iTOL segítségével

Antibiotikum-rezisztencia és Funkcionális Profilozás

• AMR gének észlelése AMRFinderPlus, CARD és ResFinder segítségével
• Funkcionális profilozás és útvonalszintézisek
• Rezisztencia és funkcionális annotációk jelentése

Reprodukálható Munkafolyamatok és Ajánlott Eljárások

• Conda, Docker és pipeline sablonok használata reprodukálhatóság érdekében
• Adatkezelés, metaadat szabványok és FAIR elvek
• Elemzések skálázása felhőalapú erőforrásokkal és jegyzetfüzetekkel

Esettanulmányok és Gyakorlati Laborok

• 16S/18S amplikon elemzés nyers olvasatoktól a taxonómiai tábláig
• Metagenóm profilozás és összehasonlító elemzés minták között
• Genom összeállítás, annotáció, SNP filogenia és AMR jelentés

Összefoglalás és Következő Lépések