Genetikai sorbarendezés és tesztelés Képzés

Ez egy gyakorlati munkaállomás, amely a bioinformatika alapjait mutatja be. Olyan emberek számára tervezték, akiknek rendelkeznek biológiai háttérrel és molekuláris biológiai ismeretekkel, és szeretnék megtanulni, hogyan dolgozhassanak biológiai adatokkal számítógépes eszközök használatával. Különösen az alábbi emberekre vonatkozik:

• Kutatók, akik molekulák, fehérjék, RNA és DNS kísérleti laboratóriumokban dolgoznak.
• Tudósok, akik főbb szaktériája nem a biológia, de szembesülniük kell biológiai adatokkal.
• Felügyelők, akik új termékeket (pl. gyógyszereket) mutatnak be, és szeretnének megnövelni a mai bioinformatika ismereteit.
• Számítógépprogramozók, akik programokat készítenek biológiai molekulákkal foglalkozó feladatokhoz.

A kurzus két részből áll: elméleti és gyakorlati. A előadás egyszerű gyakorlati feladatok, kvízek és tesztek között zajlik, hogy biztosítsa a résztvevők megértését.

A képzés során bemutatjuk a biológiai adatanalízis alapvető aspektusait. Ez a munkaállomás egy ideális lehetőség arra, hogy ismerkedjenek meg a bioinformatika számos oldalával! A kurzus végeztével képesnek kell lennie bármilyen alapvető bioinformatikai problémát kezelni: tudniuk kell, honnan szerezhetik a szükséges adatokat, hogyan szerezhetnek releváns információkat és hogyan működnek az alapvető programok és algoritmusok. Célunk, hogy segítse megérteni a biológiai adatokat.

A kurzus végeztével képesnek kell lennie biológiai adatokkal dolgozni bioinformatikai eszközök használatával.

A Jó Klinikai Gyakorlat (GCP) egy szabályrendszer, amely a emberi tárgyaival végzett klinikai kutatások irányítását szabályozza. A GCP az országok közötti szabvány a klinikai vizsgálatok tervezéséhez, végrehajtásához, figyeléséhez, dokumentálásához, elemzéséhez és jelentés-készítéséhez szolgál.

Ebben az oktató vezetésű, élő képzésben a résztvevők megtanulják a Jó Klinikai Gyakorlat (GCP) legfontosabb iránymutatásait és alapvető elveit a emberi tárgyaival végzett klinikai vizsgálatokra vonatkozóan. A képzés áttekintést ad a GCP különböző területeiről, de inkább az ICH (International Conference on Harmonization) központi GCP-t, amely gyógyszer- és biológiás vizsgálatokra vonatkozik, emeli ki.

A képzés végén a résztvevők képesek lesznek:

• Megérteni a GCP alapvető elveit az ICH alapján gyógyszer- és biológiás vizsgálatokra vonatkozóan
• Alkalmazni a GCP által előírt iránymutatásokat a klinikai kutatásaikban és vizsgálatukban

Célcsoport

• Klinikai kutatók
• Klinikai kutatás-szakemberek
• Egészségügyi és orvosi szakemberek
• Klinikai vizsgálatok támogató személyzet
• Kutatási és fejlesztői személyzet

A képzés formátuma

• Részben előadás, részben viták, gyakorlatok és intenzív gyakorlás

A mikrobiális genomika és metagenomika kombinálja a szequenciázási technológiákat és a számítógépes elemzést, hogy profilozza a mikrobiális közösségeket, karakterizálja a genomokat és felfedezze a funkcionális tulajdonságokat, például az antimikrobiális rezisztenciát.

Ez az oktatóvezetett, élő képzés (online vagy helyszínen) az általános szinttől a középfokú szintű kutatóknak és bioinformatikusoknak szánva, akik szeretnék saját kezűleg elemzéseket végezni mikrobiális genomikai és metagenomikai szequenciázási adatokon.

Ez a képzés végén a résztvevők képesek lesznek:

• Leírni a mikrobiális genomikában használt közönséges szequenciázási folyamatokat és kulcsfontosságú fájlformátumokat.
• Végrehajtani a minőségellenőrzést és előfeldolgozást a nyers NGS olvasatokkal.
• Taxonómiai profilozást végeznek márkeralapú és k-mer alapú eljárásokkal.
• Összeállítják és annotálják a mikrobiális genomokat és plazmidokat.
• SNPs-eket detektálnak, filogenetikus fákat építenek és értelmezik a populáció szerkezetét.
• Előrejelzik az antimikrobiális rezisztencia génjeit és összegzik a funkcionális profileket.
• Használják a Conda, Docker és jegyzőkönyvi jelentések segítségével ismételtlegízhető munkafolyamatokat.

A kurzus formája

• Előadások, amelyek bevezetik a koncepciókat és eszközöket (20%).
• Pratikus munkamódszerek példaadatok használatával (60%).
• Nyitott viták és vezetett elemzés, hogy a résztvevők alkalmazhassák a módszereket az adataikon (20%).

A kurzus testreszabási lehetőségei

• Kérjük, vegye fel velünk a kapcsolatot, hogy klinikai, környezeti vagy ipari metagenomikára összpontosító testreszabott műhelyt rendezzünk.

Ez az interaktív, élő képzés Magyarország (online vagy helyszínen) tudósoknak és bárkinek ajánlott, aki alapvető ismereteket szeretne megszerzani a nanotechnológia területéről.

A képzés végén a résztvevők képesek lesznek:

• Megértetni a nanotechnológia területét.
• Különbséget tenni a nano- és mikroszintű folyamatok között.
• Megérteni az elektron- és energiaátadás alapvető elméletét.

Ez egy gyakorlati kurzus, amely megmutatja, hogy a programozás miért hatékony eszköz a biológiai problémák megoldásában. A kurzus során a résztvevők a Python programozási nyelvet tanulják meg, egy olyan nyelvet, amelyet széles körben erősnek és könnyen használhatónak tartanak. Ez a kurzus egy bemutatónak tekinthető, hogyan javítja a bioinformatika a biológusok életét.

A tanfolyam olyan informatikai háttérrel nem rendelkező emberek számára készült, akik szeretnének megtanulni programozni.

Ez a tanfolyam alkalmas:

• Biológiai adatokkal foglalkozó kutatók.
• Tudósok, akik szeretnék megtanulni a mindennapi feladatok automatizálását és az adatok elemzését.
• Menedzserek, akik szeretnék megtanulni, hogyan javítja a programozás a munkafolyamatokat és a projektek lebonyolítását.

A kurzus végére a résztvevők képesek lesznek rövid programokat írni, amelyek lehetővé teszik a biológiai adatok kezelését, elemzését és kezelését, valamint az eredmények grafikus formában történő bemutatását.

A kurzus célja, hogy kutatók elősegítsenek statisztikai tervezés és elemzés alapelveinek megértését, valamint a támogatott tudományos diszciplínákban folytatott kutatásokhoz való relevanciáját.

A kurzus tartalmaz néhány valószínűségszámítási és statisztikai módszert, elsősorban példák segítségével. Az oktatás körülbelül 30%-a előadásokból, 70%-a vezetett kvízekből és laborokból áll.

A zártnak vártna kurzus esetén a példákat és anyagokat egy adott ágazathoz (pszichológiai tesztek, közszektor, biológia, genetika stb...) személyre szabhatjuk.

Nyilvános kurzusok esetén keverék példákat használunk.

Bár a kurzus során különböző szoftvereket (Microsoft Excel-től SPSS-ig, Statgraphics stb...) használnak, az elsődleges hangsúly a kutatásra, gondolkodásra és következtetésre irányuló elvek és folyamatok megértésének fejlesztésén van.

A kurzust kombinált formában is tartják, például házi feladatokkal és beadandókkal.