Köszönjük, hogy elküldte érdeklődését! Csapatunk egyik tagja hamarosan felveszi Önnel a kapcsolatot.
Köszönjük, hogy elküldte foglalását! Csapatunk egyik tagja hamarosan felveszi Önnel a kapcsolatot.
Kurzusleírás
Bevezetés az AlphaFoldba & Hatása a Biológiai Kutatásra
- A fehérjeszerkezet-előrejelzés evolúciója: a homológia modellezéstől a mélytanulási áttörésekig
- Az AlphaFold szerepe a szerkezeti biológia, gyógyszerfejlesztés és funkcionális annotáció gyorsításában
- Elvárások beállítása: képességek, korlátok és kísérleti integrációs pontok
- Gyakorlati Feladat: Az AlphaFold Fehérjeszerkezet Adatbázis (AFDB) felületének felfedezése és kezdeti szekvencia keresések végrehajtása
Hogyan Működik az AlphaFold? Architektúra & Alapvető Komponensek
- Neurális hálózat architektúra: Evoformer, szerkezeti modul és figyelemalapú szekvencia modellezés
- Többszörös Szekvencia Igazítás (MSA) generálás és sablon egyeztetés (PDB, UniRef, BFD)
- Biztonsági metrikák: pLDDT (per-resziduum biztonság) és PAE (előre jelzett igazítási hiba) magyarázata
- Gyakorlati Feladat: Az AlphaFold munkafolyamatának nyomon követése egy mintaszekvencia segítségével és az MSA/sablon bemenetek nyomon követése
Az AlphaFold Elérése: Platformok, Jegyzetfüzetek & Üzembe helyezés
- Hivatalos üzembe helyezési lehetőségek: AlphaFold DB, nyilvános API, Colab jegyzetfüzetek és helyi/GPU környezetek
- Reprodukálható Colab környezet beállítása: függőségek telepítése, GPU kiosztás és bemeneti formázás
- Fehérje szekvenciák előkészítése: FASTA szerkezet, lánc kezelés és több tartományra vonatkozó szempontok
- Gyakorlati Labor: Az AlphaFold Colab jegyzetfüzet üzembe helyezése, egyéni FASTA feltöltése és az első előrejelzési futtatás indítása
AlphaFold Fehérjeszerkezet Adatbázis & Nyilvános Források
- AFDB navigálása: szervezeti lefedettség, szerkezeti minőség, letöltési formátumok (PDB/mmCIF, nem lazított/pLDDt fájlok)
- AFDB összevetése UniProt, PDB és funkcionális adatbázisokkal (GO, KEGG, CATH)
- Nagy méretű adathalmazok kezelése: kötegelt előrejelzési korlátok, hivatkozási irányelvek és adatlicencelés
- Gyakorlati Feladat: Magas biztonságú AFDB modellek kinyerése egy célútvonalhoz és fájlok előkészítése további elemzéshez
AlphaFold Előrejelzések & Biztonsági Metrikák Értelmezése
- pLDDT hőtérképek olvasása: szerkezeti magok, rendezetlen régiók és alacsony biztonságú tartományok azonosítása
- PAE mátrixok dekódolása: tartományhatárok, intra/inter-lánc kölcsönhatások és potenciális hibás hajtási régiók észlelése
- Mikor megbízhatóak az előrejelzések: szekvencia lefedettség, evolúciós mélység és ismert szerkezeti homológok
- Gyakorlati Feladat: pLDDT/PAE kimenetek értékelése egy több tartományú fehérjére, alacsony biztonságú régiók jelölése és mutagenezis/validációs célok tervezése
AlphaFold Nyílt Forráskód & Testreszabási Útvonalak
- Adattár szerkezet: alapmodulok, adatcsövek és konfigurációs fájlok
- Bemenetek módosítása: egyéni MSA-k, sablon felülbírálások és biztonsági küszöb beállítások
- Teljesítmény optimalizálása: futási idő csökkentése, memóriakezelés és ellenőrzőpont mentés
- Gyakorlati Labor: Egy módosított AlphaFold csővezeték futtatása Colabban egyéni sablon korláttal és finomított PDB fájlok exportálása
AlphaFold Használati Esetek a Biológiai Kutatásban & Kísérleti Integráció
- Mutagenezis, kristályosítás és cryo-EM rács tervezés irányítása előrejelzett modellek segítségével
- Funkcionális annotáció: aktív hely leképezése, ligand dokkolás előkészítése és interfész előrejelzés
- Korlátok & ellenőrzés: mikor bízhatunk az előrejelzésekben, mikor kell kísérletileg ellenőrizni és gyakori buktatók
- Műhely: Kísérleti validációs munkafolyamat tervezése egy előrejelzett szerkezethez és AI kimenetek leképezése nedves laboratóriumi tesztekhez
Összegzés, Záró Alkalmazás & Következő Lépések
- Kulcsfogalmak összevonása: architektúra, értelmezés és gyakorlati üzembe helyezés
- Záró Feladat: A résztvevők kiválasztanak egy érdekes fehérjét, futtatnak/lekérnek egy előrejelzést, értelmezik a biztonsági metrikákat és kidolgoznak egy kutatási alkalmazási tervet
- Nyílt Kérdések & Válaszok, gyakori hibák hibaelhárítása és források terjesztése
- Következő lépések: fejlett AlphaFold3 integráció, RoseTTAFold, trRosetta és folyamatos közösségi eszközök
Követelmények
- Háttértudás és megértés a fehérjeszerkezetekről
- Alapvető molekuláris biológiai fogalmak ismerete (aminosav-szekvenciák, hajtási elvek, PDB/mmCIF formátumok) ajánlott
- Kényelmes böngészőalapú jegyzetfüzetek használata és kódcellák végrehajtása böngészőben
Közönség
- Biológusok, molekuláris kutatók és szerkezeti biológiai kutatók
- Kísérleti tudósok, akik számítógépes szerkezet-előrejelzéseket keresnek a nedves laboratóriumi munkafolyamatok irányításához
- Élettudományi szakemberek, akik MI-alapú modellezést integrálnak hipotézisgenerálásba és kísérleti tervezésbe
7 Órák
