Kurzusleírás

I. Bevezetés és előzmények

1. Áttekintés

    Az R barátságosabbá tétele, az R és az elérhető grafikus felhasználói felületek Rstudio Kapcsolódó szoftverek és dokumentáció R és statisztika R interaktív használata Bevezető munkamenet Segítség kérése funkciókkal és szolgáltatásokkal kapcsolatban R parancsok, kis- és nagybetűk érzékenysége stb. Korábbi parancsok előhívása és javítása Parancsok végrehajtása vagy kimenet átirányítása a fájl Adatok állandósága és objektumok eltávolítása Go a programozási gyakorlatban: Önálló szkriptek, jó olvashatóság, pl. strukturált szkriptek, dokumentáció, csomagok telepítése; CRAN és Bioconductor

2. Adatok olvasása

    Txt fájlok (read.delim) CSV fájlok

3. Egyszerű manipulációk; számok és vektorok + tömbök

    Vektorok és hozzárendelés Vektor aritmetika Szabályos sorozatok generálása Logikai vektorok Hiányzó értékek Karaktervektorok Indexvektorok; adathalmaz részhalmazainak kiválasztása és módosítása Tömbök
Tömb indexelés. Egy tömb alszakaszai
  • Index mátrixok
  • Az array() függvény + egyszerű műveletek tömbökön, pl. szorzás, transzponálás
  • Más típusú objektumok
  • 4. Listák és adatkeretek
  • Listák Listák készítése és módosítása Listák összefűzése

      Adatkeretek Adatkeretek készítése
    Munka adatkeretekkel
  • Tetszőleges listák csatolása
  • A keresési útvonal kezelése
  • 5. Adatkezelés
  • Megfigyelések és változók kiválasztása, részhalmaza Szűrés, csoportosítás Átkódolás, transzformációk Aggregálás, adathalmazok kombinálása Partícionált mátrixok kialakítása, cbind() és rbind() Az összefűzési függvény, (), tömbökkel Karakterkezelés, stringr csomag rövid bevezető grepbe és regexprbe
  • 6. További információ az adatok olvasásáról

      XLS, XLSX fájlok olvasó és readxl csomagok SPSS, SAS, Stata,… és egyéb formátumú adatok Adatok exportálása txt, csv és más formátumokba

    6. Csoportosítás, ciklusok és feltételes végrehajtás

      Csoportosított kifejezések Vezérlő utasítások Feltételes végrehajtás: if utasítások Ismétlődő végrehajtás: ciklusoknál, ismétlés és while intro intro into apply, lapply, sapply, tapply

    7. Funkciók

      Függvények létrehozása Opcionális argumentumok és alapértelmezett értékek Változó argumentumok száma Hatály és következményei

    8. Egyszerű grafika R-ben

      Grafikon létrehozása Sűrűség Plots Dot Plots Bar Plots Vonaldiagramok Kördiagramok Boxplotok Szórványábrák Plots kombinálása

    II. Statisztikai elemzés R

      1. Valószínűségi eloszlások

    R mint statisztikai táblázatok halmaza Egy adathalmaz eloszlásának vizsgálata

    2. Hipotézisek tesztelése

      Tesztek egy populáció átlagos valószínűségi arányára Teszt Egy- és kétmintás teszt Khi-négyzet Goillesztési teszt Kolmogorov-Smirnov egymintás statisztika Wilcoxon előjeles rangú teszt Kétmintás teszt Wilcoxon rangösszeg teszt Mann-Whitney Teszt Kolmogorov-Smirnov teszt

    3. Hipotézisek többszörös tesztelése

      I. típusú hiba és FDR ROC görbék és AUC többszörös tesztelési eljárások (BH, Bonferroni stb.)

    4. Lineáris regressziós modellek

      Általános függvények a modellinformációk kinyeréséhez Illesztett modellek frissítése Általános lineáris modellek Családok A glm() függvény

    Osztályozás Logisztikai regresszió

      Lineáris diszkriminancia analízis
    Felügyelet nélküli tanulás Főkomponensek elemzése
  • Klaszterezési módszerek (k-átlagok, hierarchikus klaszterezés, k-medoidok)
  • 5. Túlélési elemzés (túlélési csomag)
  • Túlélési objektumok r-ben Kaplan-Meier becslés, log-rank teszt, parametrikus regresszió Konfidenciasávok Cenzúrázott (intervallum cenzúrázott) adatelemzés Cox PH modellek, konstans kovariánsok Cox PH modellek, időfüggő kovariánsok Szimuláció: Modell-összehasonlítás (Regressziós modellek összehasonlítása)
  • 6. Varianciaanalízis
  • Egyirányú ANOVA Az ANOVA MANOVA kétirányú osztályozása
  • III. Megoldott problémák a bioinformatikában

      A limma csomag rövid bemutatása Microarray adatelemzési munkafolyamat Adatletöltés a GEO-ból: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Adatfeldolgozás (QC, normalizálás, differenciális kifejezés) Vulkán diagram Custering példák + hőtérképek
     28 Hours

    Résztvevők száma



    Ár per résztvevő

    Vélemények (9)

    Rokon tanfolyam

    Rokon kategóriák